Zgodnie z art. 15 ust. 1 ordynacji podatkowej organy podatkowe przestrzegają z urzędu swojej właściwości rzeczowej i miejscowej.

Dodatkowo przestrzegają również właściwości instancyjnej z uwagi na zasadę dwuinstancyjności postępowania podatkowego (art. 127 ordynacji podatkowej).

Organami pierwszej instancji są:

1) naczelnik urzędu skarbowego (PIT, CIT, VAT, PCC, podatek od spadków i darowizn),
2) naczelnik urzędu celnego (podatek akcyzowy),
3) wójt, burmistrz (prezydent miasta), starosta albo marszałek województwa (podatki: od nieruchomości, od środków transportowych, leśny rolny, opłaty lokalne).
4) dyrektor izby skarbowej;
5) dyrektor izby celnej;

Organami drugiej instancji są:
1) dyrektor izby skarbowej, dyrektor izby celnej - jako:
a) organ odwoławczy odpowiednio od decyzji naczelnika urzędu skarbowego lub naczelnika urzędu celnego,
b) organ odwoławczy od decyzji wydanej przez ten organ w pierwszej instancji;
2) samorządowe kolegium odwoławcze - jako organ odwoławczy od decyzji wójta, burmistrza (prezydenta miasta), starosty albo marszałka województwa.

Ponadto organem podatkowym (pierwszej i drugiej instancji) jest Minister Finansów publicznych - jako:
1) organ pierwszej instancji w sprawach stwierdzenia nieważności decyzji, wznowienia postępowania, zmiany lub uchylenia decyzji lub stwierdzenia jej wygaśnięcia - z urzędu;
2) organ odwoławczy od decyzji wydanych w sprawach, o których mowa w pkt 1;
3) organ właściwy w sprawach porozumień dotyczących ustalenia cen transakcyjnych;
4) organ właściwy w sprawach interpretacji przepisów prawa podatkowego,
5) organ właściwy w sprawach informacji przekazywanych przez banki i spółdzielcze kasy oszczędnościowo-kredytowe o założonych i zlikwidowanych rachunkach bankowych związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej.