Organ podatkowy po przeprowadzeniu wznowionego postępowania wydaje decyzję, w której:
1) uchyla w całości lub w części decyzję dotychczasową, jeżeli stwierdzi istnienie, którejś z wymienionych wcześniej przesłanek, i w tym zakresie orzeka co do istoty sprawy lub umarza postępowanie w sprawie;
2) odmawia uchylenia decyzji dotychczasowej w całości lub w części, jeżeli nie stwierdzi istnienia przesłanek uzasadniających wznowienie postępowania;
3) odmawia uchylenia decyzji dotychczasowej w całości lub w części, jeżeli stwierdzi istnienie przesłanek wznowienia postępowania, lecz:
a) w wyniku uchylenia mogłaby zostać wydana wyłącznie decyzja rozstrzygająca istotę sprawy tak jak decyzja dotychczasowa, albo
b) wydanie nowej decyzji orzekającej co do istoty sprawy nie mogłoby nastąpić z uwagi na upływ terminów przedawnienia przewidzianych w art. 68 lub art.70 Ordynacji podatkowej.

Odmawiając uchylenia decyzji w przypadkach wymienionych w pkt. 3, organ podatkowy w rozstrzygnięciu stwierdza istnienie określonych przesłanek oraz wskazuje okoliczności uniemożliwiające uchylenie decyzji.

Decyzja wydana na skutek wznowienia postępowania traktowana jest jak decyzja pierwszej instancji. Tym samym, strona może odwoływać się od niej na zasadach ogólnych. Ponadto organ ją wydający nie jest związany zasadą niewydawania decyzji na niekorzyść strony.

Organ podatkowy właściwy w sprawie wznowienia postępowania powinien wstrzymać z urzędu lub na żądanie strony wykonanie decyzji, jeżeli okoliczności sprawy wskazują na prawdopodobieństwo uchylenia decyzji w wyniku wznowienia postępowania.

Na postanowienie w sprawie wstrzymania wykonania decyzji służy stronie zażalenie, chyba że postanowienie zostało wydane przez ministra właściwego do spraw finansów publicznych, dyrektora izby skarbowej, dyrektora izby celnej lub samorządowe kolegium odwoławcze.