Może się zdarzyć, że w trakcie kontroli podatkowej organy podatkowe wykryją nieprawidłowości u podatnika i wszczynają postępowanie podatkowe, a następnie podatnik zmienia swoją siedzibę.

Powstaje w związku z tym pytanie, jaki organ podatkowy jest właściwy do prowadzenia postępowania podatkowego: czy organ podatkowy, który wszczął postępowanie kontrolne, czy też organ podatkowy właściwy według miejsca nowej siedziby podatnika.

Przepisy przewidują, że jeżeli po zakończeniu roku podatkowego lub innego okresu rozliczeniowego nastąpi zdarzenie powodujące zmianę właściwości miejscowej organu podatkowego, organem podatkowym właściwym miejscowo w sprawach dotyczących poprzednich lat podatkowych lub innych okresów rozliczeniowych jest organ właściwy po zaistnieniu tych zdarzeń, z zastrzeżeniem art. 18b (art. 18 a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa - tekst jedn. Dz.U. z 2005 r., nr 8, poz. 60, z późn. zm.).

Organy podatkowe właściwe w dniu wszczęcia postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej pozostają właściwe w sprawie, której to postępowanie lub kontrola dotyczy, chociażby w trakcie kontroli postępowania lub kontroli nastąpiło zdarzenie powodujące zmianę właściwości (art. 18b Ordynacji podatkowej).

Warto też odwołać się do przepisu art. 165b § 1 Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym w przypadku:
- ujawnienia przez kontrolę podatkową nieprawidłowości co do wywiązywania się przez kontrolowanego z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego oraz
- niezłożenia przez podatnika deklaracji lub niedokonania przez niego korekty deklaracji w całości uwzględniającej ujawnione nieprawidłowości,
organ podatkowy wszczyna postępowanie podatkowe w sprawie, która była przedmiotem kontroli podatkowej, nie później niż w terminie 6 miesięcy od zakończenia kontroli.