Na podstawie przepisów Ordynacji Podatkowej podatnicy prowadzący księgi podatkowe mają obowiązek ich przechowywania do końca okresu przedawnienia zobowiązania podatkowego, co w praktyce oznacza nawet 7 lat, ponieważ np. zobowiązanie w podatku CIT czy PIT, które powstało w 2004 r. przedawni się z końcem 2010 r. 

Oprócz ksiąg podatkowych należy mieć również na myśli wszystkie z tym związane dokumenty, tj.: ewidencje, faktury, dowody wpłaty itp. Jeśli chodzi o przepisy dot. podatku VAT to podatnicy mają obowiązek przechowywać ewidencje prowadzone dla celów rozliczania podatku oraz pozostałe dokumenty związane z tym rozliczeniem, aż do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, tak wynika z art. 112 ustawy o VAT.

Porównaj: Prawa i obowiązki podczas kontroli

W rozporządzeniu wykonawczym do ustawy o VAT mowa jest o obowiązku przechowywania oryginałów, kopii i duplikatów faktur w tym również faktur korygujących. Odnośnie dokumentów dotyczących innych podatków obowiązują podobne zasady.
Niedotrzymanie obowiązku przechowywania przez określony czas przepisami dokumentów podatkowych jak również nieprzechowywanie czy też przechowywanie ich w sposób uniemożliwiający ich odczytanie może zrodzić wobec podatnika konsekwencje karnoskarbowe zagrożone wysoką karą grzywny. 

Jednakże surowe konsekwencje względem podatnika, który nie wypełnił takich obowiązków będą wyciągnięte wobec niego jeżeli popełnił takie czyny umyślnie. Utrata dokumentów wskutek powodzi czyli na skutek siły wyższej jest niezależna od podatnika i wyłącza jego winę umyślną, chyba że korzystając z nadarzającej się okazji świadomie zatopi dokumenty.