Czynności wymienione wyżej w pkt 2 mogą przeprowadzić tylko upoważnieni pracownicy organu podatkowego po uzyskaniu, na wniosek organu podatkowego, zgody prokuratora rejonowego.

Przed przystąpieniem do tych czynności kontrolowanemu okazuje się postanowienie prokuratora o wyrażeniu na nie zgody. Przepisy Kodeksu postępowania karnego o przeszukaniu odnoszące się do Policji mają także zastosowanie do kontrolujących.

Sporządza się protokół tych czynności, który wymaga zatwierdzenia przez prokuratora. W razie odmowy zatwierdzenia protokołu materiały i informacje zebrane w toku czynności nie stanowią dowodu w postępowaniu podatkowym.

Czynności wymienione wyżej w pkt 1 dokonywać można tylko za zgodą kontrolowanego. W razie braku takiej zgody, analogicznie do czynności z pkt 2, urzędnicy muszą uzyskać zgodę prokuratora rejonowego..

Gdy nieruchomości lub ich części albo rzeczy znajdują się w posiadaniu osób trzecich, osoby te są obowiązane je udostępnić, w celu przeszukania lub oględzin, na żądanie organu podatkowego.

Kontrolowanego, osobę go reprezentującą lub osobę upoważnioną do kontaktów z kontrolującymi zawiadamia się o miejscu i terminie przeprowadzenia:
- dowodu z zeznań świadków,
- opinii biegłych,
przynajmniej na 3 dni przed terminem ich przeprowadzenia, a dowodu z oględzin nie później niż bezpośrednio przed podjęciem tych czynności.

Wyjątkowo można nie zawiadamiać strony kontrolowanej o przesłuchaniu świadków, czy biegłych, jeżeli jej przedstawiciele są nieobecni, a okoliczności sprawy uzasadniają natychmiastowe przeprowadzenie dowodu.